Интегроны классов 1 и 2 в госпитальных штаммах грам-отрицательных бактерий, выделенных в Москве и регионах Российской Федерации

Авторы:
  • Е. С. Кузина
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
  • Е. И. Асташкин
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
  • А. И. Лев
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
  • Е. Н. Агеева
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
  • Н. Н. Карцев
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
  • Э. А. Светоч
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
  • Н. К. Фурсова
    ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279, Московская обл., п. Оболенск, Россия
Журнал: Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2019;37(1): 17-24
Просмотрено: 1308 Скачано: 102

В настоящее время госпитальные инфекции представляют собой большую проблему для здравоохранения во всем мире [1—3]. В России доля изолятов грамотрицательных бактерий среди бактериальных возбудителей нозокомиальных инфекций (НИ) в 2013—2014 гг. составила 76,5% [4—6]. В последние 2 десятилетия среди возбудителей НИ отмечается тенденция к увеличению доли множественно лекарственно-устойчивых (МЛУ), экстремально устойчивых (ЭУ) и пан-устойчивых (ПУ) бактерий [7].

Большую роль в мобилизации и распространении генетических детерминант антибиотикорезистентности у бактерий играют мобильные генетические элементы (МГЭ): плазмиды, бактериофаги, транспозоны, IS-элементы [8]. Интегроны — природные системы клонирования и экспрессии мобильных генных кассет, улавливаемых с помощью сайтспецифической рекомбинации, распространяются с помощью МГЭ и играют особую роль, поскольку являются «депо генов антибиотикорезистентности», аккумулирующим эти гены в виде генных кассет [9] и обеспечивающим их экспрессию с сильного интегронного промотора [10]. Интегроны широко распространены в геномах бактерий, выделяемых в разных экологических нишах: в госпитальной среде, в объектах внешней среды, в организмах человека и животных [11—14].

К настоящему времени на основании различий в первичной структуре гена интегразы описаны 5 классов интегронов, наиболее распространенными среди которых являются интегроны классов 1 и 2 [15]. В базе данных GenBank NCBI на дату 14.02.18 представлено 31 078 интегронов класса 1 и 27 624 интегронов класса 2 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/). Описано более 130 генных кассет, более 80 наборов генных кассет в интегронах класса 1 и 6 типов наборов генных кассет в интегронах класса 2 [16]. В Российской Федерации также широко распространены интегроны классов 1 и 2 в геномах мультирезистентных штаммов грам-отрицательных бактерий [17—21].

Цель данной работы — детекция и характеристика интегронов классов 1 и 2 в геномах грамотрицательных бактерий, выделенных в Москве и в других регионах РФ в 2003—2015 гг.

Материал и методы

Этические требования

Наша лаборатория не имела непосредственного контакта с пациентами лечебных учреждений. Изучаемые штаммы бактерий были получены в ходе сотрудничества с микробиологическими лабораториями ООО «Национальное агентство клинической фармакологии и фармации», Москва; ФГБУ «Детский научно-клинический центр инфекционных болезней Федерального медико-биологического агентства», Санкт-Петербург; ФГАУ «Национальный научно-практический центр нейрохирургии им. акад. Н.Н. Бурденко» Минздрава России, Москва; ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница № 1 Департамента здравоохранения Москвы». Изучаемые штаммы в своих названиях не содержат персональных данных о пациентах, таких как фамилия, имя, этническая принадлежность, возраст, религия, гендерная принадлежность и др. В соответствии с законодательством Российской Федерации каждый пациент при поступлении в лечебное учреждение подписывал информированное согласие на проведение медицинских процедур и диагностических тестов.

Штаммы бактерий и культивирование

Антибиотикорезистентные клинические штаммы грам-отрицательных бактерий выделены в Москве и других регионах России (n=1248) в 2003—2015 гг., в том числе штаммы семейства Enterobacteriaceae (n=694) и группы неферментирующих грамотрицательных бактерий (n=552). Бактерии культивировали при температуре 37 °C на питательных средах бульон и агар Мюллера—Хинтон («Himedia», Мумбаи, Индия). Видовую идентификацию бактерий проводили на приборах Vitek-2 Compact («Biomerieux», Лион, Франция) и MALDI-TOF Biotyper («Bruker», Карлсруэ, Германия). Бактериальные изоляты хранили в 40% глицерине при температуре –70 °С.

Определение чувствительности к антибактериальным препаратам

Минимальные подавляющие концентрации (МПК) антибактериальных препаратов: ампициллин (AMP); амоксициллин/клавулановая кислота (AMC); амоксициллин-сульбактам (AMS); цефуроксим (CXM); цефокситин (CEX); цефотаксим (CTX); цефтриаксон (CRO); цефтазидим (CAZ); цефоперазон-сульбактам (CFP); цефепим (FEP); имипенем (IPM); меропенем (MEM); доксициклин (DOC); тигециклин (TGC); ципрофлоксацин (CIP); хлорамфеникол (CHL); гентамицин (GEN); тобрамицин (TOB); амикацин (AMK); триметоприм (TMP); котримоксазол (CTZ); нитрофурантоин (NIT); колистин (CST) определяли на приборе Vitek-2 Сompact (Biomerieux, Лион, Франция). Интерпретацию результатов осуществляли в соответствии с указаниями Европейского комитета по тестированию антимикробной чувствительности «The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing. Breakpoint tables for interpretation of MICs and zone diameters. Version 7.1, 2017−03−10» (http://www.eucast.org). В качестве внутренних стандартов использовали чувствительный штамм E. coli ATCC 25922 и высоко-устойчивый штамм E. coli ATCC 35218.

Детекция генов антибиотикорезистентности

Методом ПЦР со специфичными праймерами опре-деляли гены, кодирующие бета-лактамазы 5 типов: blaCTX-M [22], blaTEM [23], blaSHV [19], blaOXA [24], blaVIM [25], blaNDM [26], а также интегразы класса 1 [27] и класса 2 [28], и наборы кассет интегронов классов 1 и 2 [29]. Состав реакционной смеси и режимы амплификации соответствовали ранее описанным для обозначенных праймеров. В качестве матрицы для амплификации использовали термолизаты [19]. ПЦР проводили в приборах GradientPalmCycler («Corbertt Research», Мортлейк, Австралия) и Терцик («ДНК-Технология», Протвино, Россия) с последующей электрофоретической детекцией продуктов амплификации в 1,5% агарозном геле.

Секвенирование ДНК

Реакцию секвенирования осуществляли с помощью набора реактивов ABI PRISM BigDye™ Terminator v. 3.1 kit («Thermo Fisher Scientific», Уолтем, США) на автоматическом ДНК-секвенаторе ABI PRISM 3100-Avant (SYNTOL, Москва, Россия).

Биоинформационный анализ

Компьютерный анализ последовательностей ДНК проводили с помощью программ Vector NTI9 («Invitrogen», Уолтем, США), CHROMAS (Technelysium Pty Ltd.; http://technelysium.com.au) и веб-ресурса BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi). Анализ структуры интегронов проводили с помощью веб-ресурса INTEGRAL (http://integrall.bio.ua.pt/?).

Подсчет количества ссылок на интегроны в базе данных GenBank осуществляли на дату 10.03.18, производя поиск по названиям генных кассет в разделе «Nucleotide» веб-ресурса NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/).

Депонирование последовательностей ДНК в базе данных GenBank

В базе данных GenBank размещены 95 нуклеотидных последовательностей интегронных наборов кассет 22 интегронов класса 1 и 20 нуклеотидных последовательностей интегронных наборов кассет 4 интегронов класса 2 (табл. 1).

Таблица 1. Наборы генных кассет интегронов классов 1 и 2, идентифицированных в клинических штаммах грамотрицательных бактерий, в базе данных GenBank Примечание. ND — номер интегрона не определен.

Результаты и обсуждение

Коллекция изучаемых штаммов и их чувствительность к антибактериальным препаратам

Клинические штаммы грамотрицательных бактерий (n=1248), в том числе Pseudomonas aeruginosa (n=320), Klebsiella pneumoniae (n=271), Acinetobacter baumannii (n=232), Escherichia coli (n=191), Enterobacter spp. (n=132), Proteus spp. (n=67), Citrobacter freundii (n=13), Serratia spp. (n=8), Morganella morganii (n=7), Salmonella enterica (n=2), Achromobacter xylosoxidans (n=2), Providencia spp. (n=2), Shigella flexneri (n=1), выделены из дыхательной системы (n=493), мочевыделительной системы (n=379), хирургических ран (n=159), пищеварительного тракта (n=77), крови (n=60), нервной системы (n=28), кожи и слизистых оболочек (n=15) от пациентов многопрофильных стационаров Москвы и других регионов РФ в 2003—2015 гг., а также из госпитальной среды (n=37). Анализ чувствительности к антимикробным препаратам показал преобладание штаммов, устойчивых к бета-лактамам, в том числе к пенициллинам (99% штаммов), цефалоспоринам (95%) и карбапенемам (20%); к аминогликозидам (87%), хлорамфениколу (74%) и сульфаниламидам (72%) (рис. 1, а).

Рис. 1. Фенотипы антибиотикорезистентности штаммов грамотрицательных бактерий. а — чувствительность к антибактериальным препаратам: AMP — ампициллин; AMC — амоксициллин/клавулановая кислота; AMS — амоксициллин-сульбактам; CXM — цефуроксим; CEX — цефокситин; CTX — цефотаксим; CRO — цефтриаксон; CAZ — цефтазидим; CFP — цефоперазон-сульбакта; FEP — цефепим; IPM — имипенем; MEM — меропенем; DOC — доксициклин; TGC — тигециклин; CIP — ципрофлоксацин; CHL — хлорамфеникол; GEN — гентамицин; TOB — тобрамицин; AMK — амикацин; TMP — триметоприм; CTZ — котримоксазол; NIT — нитрофурантоин; CST — колистин; б — доля штаммов, устойчивых одновременно к нескольким функциональным классам: АП — антибактериальные препараты; ЭБ — энтеробактерии, НГОБ — неферментирующие грамотрицательные бактерии.
У 94% штаммов коллекции был выявлен фенотип множественной лекарственной устойчивости (МЛУ) — устойчивость к антимикробным препаратам 3 и более функциональных классов, в соответствии с классификацией А.Р. Magiorakos и соавт. [8]. Среди МЛУ штаммов 10% были устойчивы к 3 функциональным группам препаратов, 19% — к 4, 42% — к 5, 17% — к 6, 7% — к 7 (см. рис. 1, б).

Генетические детерминанты устойчивости к бета-лактамам

Высокий уровень устойчивости изучаемых штаммов к бета-лактамам — пенициллинам, цефалоспоринам и карбапенемам — ассоциирован с наличием у них генов бета-лактамаз типов blaTEM (35% штаммов), blaSHV (25%), blaCTX-M (38%), blaOXA (31%), blaVIM (3%) и blaNDM (2%) (рис. 2).

Рис. 2. Представленность генов бета-лактамаз в штаммах грамотрицательных бактерий. * — гены blaSHV-типа выявлены только у K. pneumoniae; ** — гены blaVIM-типа выявлены только у P. aeruginosa; *** — гены blaOXA (blaOXA-40-, blaOXA-23— и blaOXA-51— типов) выявлены только у A. baumannii; ЭБ — энтеробактерии, НГОБ — неферментирующие грамотрицательные бактерии.
Стоит подчеркнуть, что для разных видов бактерий характерны разные гены бета-лактамаз. Так, гены blaSHV-типа детектированы только у K. pneumoniae (92% штаммов); гены blaVIM-типа выявлены только у P. aeruginosa (17%); гены blaOXA (blaOXA-40-, blaOXA-23— и blaOXA-51-типов) выявлены только у A. baumannii (88%).

Интегроны классов 1 и 2

В ходе исследования выявлено 842 интегрона, в том числе класса 1 — 737 интегронов (59% штаммов) и класса 2 — 105 интегронов (8% штаммов). При этом интегроны детектированы в 43% штаммов энтеробактерий и в 25% штаммов неферментирующих грамотрицательных бактерий. Наибольшее количество интегронов класса 1 выявлено у E. coli, P. aeruginosa и K. pneumoniae, а интегронов класса 2 — у P. mirabilis (табл. 2).

Таблица 2. Представленность интегронов классов 1 и 2 у грамотрицательных бактерий
Большая часть интегронов класса 1 (54%) и интегронов класса 2 (88%) содержали в своей вариабельной части наборы генных кассет, ассоциированных с устойчивостью штаммов к антибактериальным препаратам разных функциональных групп (амино-гликозидам, хлорамфениколу, сульфаниламидам и бета-лактамам), а также кассеты orf, кодирующие белки с неизвестными функциями.

Наборы генных кассет интегронов классов 1 и 2

В ходе исследования выявлено 22 варианта наборов генных кассет в интегронах класса 1 и 4 варианта — в интегронах класса 2 (рис. 3).

Рис. 3. Варианты наборов генных кассет в интегронах классов 1 и 2 в штаммах грамотрицательных бактерий. attI — первичный сайт рекомбинации интегронов; attС — сайт рекомбинации генных кассет; × — нуклеотидная замена Т305-С, которая привела к аминокислотной замене Val102-Ala в составе кодируемого фермента генной кассеты dfrA12s.
Интегроны класса 1 имели наборы, состоящие из 1 генной кассеты (aacA4; aadA1; aadA2; aadB; blaPSE1; dfrA7; estX), из 2 генных кассет (aacA4-cmlA1j; aacA4-orfD; aadA6-orfD; aadB-aadA1y; aadB-catB3; blaOXA30-aadA1; dfrA17-aadA5; dfrA1-aadA1; dfrA1-orfC; dfrA5-ereA2), из 3 генных кассет (aacA7-smr2-orfD; dfrA12-orfF-aadA2; dfrA12s-orfF-aadA2) и из 4 генных кассет (aacC1-orfX-orfY-aadA1; orfD2-aacA4’-17-orfE14-catB8). Интегроны класса 2 содержали наборы из 2 генных кассет (dfrA1-sat2) и 3 генных кассет (dfrA12-sat2-aadA1; dfrA1-IS911-sat1-aadA1; dfrA1-sat2-aadA1). Оценка распространенности наборов генных кассет, идентифицированных в данном исследовании, на основании представленности аннотированных последовательностей интегронов в геномах бактерий в базе данных GenBank, показала, что интегроны класса 1 (n=62 597) существенно более распространены по сравнению с интегронами класса 2 (n=2410). Среди идентифицированных нами интегронов класса 1 наиболее представлены в базе данных GenBank на дату 10.03.18 интегроны, несущие 1 генную кассету (n=33 120) и 2 генные кассеты (n=28 537), а менее представлены интегроны с 3 кассетами (n=413) и 4 кассетами (n=527). У интегронов класса 2 описаны наборы с 2 генными кассетами (n=1302) и с 3 генными кассетами (n=1108) (см. табл. 1).

Идентификация новых генных наборов интегронов

В клиническом штамме E. coli I-7433, выделенном из мочи пациента в стационаре Москвы в 2014 г., идентифицирован новый интегрон класса 1, которому в базе данных INTEGRAL присвоен номер In1249. Секвенирование вариабельной части этого интегрона выявило наличие 3 генных кассет (dfrA12s-orfF-aadA2), причем генная кассета dfrA12s [GenBank KT316808] является новым аллелем гена, кодирующего дигидрофолат-редуктазу, которая обеспечивает устойчивость к триметоприму. Анализ первичной структуры гена показал наличие значимой нуклеотидной замены Т305-С, которая привела к аминокислотной замене Val102-Ala в составе кодируемого фермента.

В клиническом штамме S. flexneri Y-5, выделенном во время вспышки дизентерии в Якутске в 2010 г., идентифицирован новый интегрон класса 2, в котором структура генной кассеты dfrA1 нарушена вставкой последовательности IS911 (1256 п.н.). Данная структура генетической кассеты (dfrA1-IS911-sat1-aadA1) не была описана ранее и депонирована нами в базе GenBank под номером HM592262. Уникальность структуры и присутствие во всех изолятах S. flexneri, выделенных при вспышке дизентерии, позволили использовать интегрон класса 2 в качестве молекулярно-генетического маркера для эпидемиологического анализа и сделать вывод о клональности данной вспышки.

Генные кассеты антибиотикорезистентности

В ходе исследования идентифицированы генные кассеты 31 типа. Анализ представленности этих типов кассет в базе данных GenBank показал, что более распространенными у бактерий на дату 10.03.18 являлись генные кассеты aadB, aacA4, aacC1, aadA1, aadA2, aadA5, blaVIM-2, dfrA1, dfrA7, dfrA12, orfC, orfE, orfY и sat1, а менее распространенными — aacA1, aadA6, aadA7, blaPSE1, dfrB4, ereA2, smr2 и dfrA12s (табл. 3).

Таблица 3. Генные кассеты антибиотикорезистентности интегронов классов 1 и 2, идентифицированные в клинических штаммах грамотрицательных бактерий Примечание. AG — аминогликозиды, BL — бета-лактамы, СМ — хлорамфеникол, ERI — эритромицин, НИ — неизвестно, SPE — спектиномицин, STR — стрептомицин, STT — стрептотрицин, THR — триметоприм, QNL — фторхинолоны.
В исследовании итальянских авторов 2009 г. наиболее представленными генными кассетами были: aadA1 (259 ссылок), aacA4 (204 ссылки), dfrA1 (162 ссылки), aadA2 (150 ссылок) и aadB (89 ссылок) [16]. За прошедшие 9 лет представленность этих генных кассет в базе данных GenBank увеличилась в 25, 40, 27, 34 и 164 раза соответственно.

Заключение

Интегроны классов 1 и 2 являются важным молекулярно-генетическим механизмом формирования фенотипа МЛУ у грамотрицательных бактерий, выделенных от пациентов и из госпитальной среды многопрофильных стационаров Москвы и других регионов Российской Федерации в 2003—2015 гг. В ходе исследования подтверждена общепризнанная роль интегронов в качестве своеобразного «депо» генетических детерминант антибиотикоустойчивости и «резерва» для создания новых комбинаций генных кассет. Описанные новые модификации генных кассет (dfrA12s и dfrA1-IS911) могут служить полезными молекулярно-генетическими маркерами для отслеживания распространенности кассет, эволюции наборов генных кассет и при эпидемиологическом анализе. Проведенный анализ генных кассет на основании представленности в базе данных GenBank и идентифицированных в ходе исследования указывает на широкую распространенность интегронов классов 1 и 2 в геномах клинических штаммов бактерий, выделенных в разных регионах мира.

Авторы благодарны за предоставленные для исследования клинические штаммы бактерий к.б.н. А.Н. Круглову, с.н.с. (ООО «НАКФФ», Москва), д.б.н., проф. С.В. Сидоренко (ФГБУ «ДНКЦ ИБ ФМБА», Санкт-Петербург), д.м.н., доценту О.Н. Ершовой (ФГАУ «ННПЦН им. акад. Н.Н. Бурденко» Минздрава России, Москва), к.м.н. В.Е. Маликову (ГБУЗ «ИКБ № 1 ДЗМ»).

Работа выполнена в рамках Федеральной темы НИР 049 Роспотребнадзора «Мониторинг и изучение свойств возбудителей пищевых и госпитальных инфекций, разработка средств их диагностики» (2016—2020 гг.).

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Настоящая статья не содержит каких-либо исследований с использованием животных в качестве объектов.

Все процедуры, выполненные в исследовании с участием людей, соответствуют этическим стандартам институционального и/или национального комитета по исследовательской этике и Хельсинкской декларации и ее последующим изменениям или сопоставимым нормам этики.

От каждого из включенных в исследование участников было получено информированное добровольное согласие.

Для корреспонденции: Кузина Екатерина Сергеевна, аспирант ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, 142279 Оболенск, Серпуховский район, Московская область, Российская Федерация; e-mail: e.leonova@mail.ru

Список литературы:

  1. Antimicrobial resistance: global report on surveillance 2014. Geneva, April 30, 2014. Geneva, 2014.
  2. Harbarth S, Balkhy HH, Goossens H, Jarlier V, Kluytmans J, Laxminarayan R, et al. Antimicrobial resistance: one world, one fight! Antimicrob Resist Infect Control. 2015;4:49.
  3. Эйдельштейн М.В., Сухорукова М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Шек E. А. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» 2013—2014. Клин микробиол, антимикроб химиотер. 2017;19(1):42-48.
  4. Эйдельштейн М.В., Сухорукова М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Микотина А.В. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Pseudomonas aeruginosa в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» 2013—2014. Клин микробиол антимикроб химиотер. 2017;19(1):37-41.
  5. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Микотина А.В. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Enterobacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» 2013—2014. Клин микробиол антимикроб химиотер. 2017;19(1):49-56.
  6. Magiorakos AP, Srinivasan A, Carey RB, Carmeli Y, Falagas ME, Giske CG, at al. Multidrug-resistant, extensively drug-resistant and pandrug-resistant bacteria: an international expert proposal for interim standard definitions for acquired resistance. Clin Microbiol Infect. 2012;18(3):268-281.
  7. Hall JPJ, Brockhurst MA, Harrison E. Sampling the mobile gene pool: innovation via horizontal gene transfer in bacteria. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2017;372(1735):pii 20160424.
  8. Tsafnat G, Copty J, Partridge SR. RAC: Repository of Antibiotic resistance Cassettes. Database (Oxford). 2011;bar054.
  9. Michael CA, Labbate M. Gene cassette transcription in a large integronassociated array. BMC Genetics 2010;11:82.
  10. Graham DW, Knapp CW, Christensen BT, McCluskey S, Dolfing J. Appearance of β-lactam Resistance Genes in Agricultural Soils and Clinical Isolates over the 20(th) Century Sci Rep. 2016;6:21550.
  11. Wu RB, Alexander TW, Li JQ, Munns K, Sharma R, McAllister TA. Prevalence and diversity of class 1 integrons and resistance genes in antimicrobial-resistant Escherichia coli originating from beef cattle administered subtherapeutic antimicrobials. J Appl Microbiol. 2011;111(2):511-523.
  12. Koczura R, Semkowska A, Mokracka J. Integron-bearing Gram-negative bacteria in lake waters. Lett Appl Microbiol. 2014;59(5):514-519.
  13. Deng Y, Bao X, Ji L, Chen L, Liu J, Miao J, et al. Resistance integrons: class 1, 2 and 3 integrons. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2015;14:45.
  14. Michael R. Gillings Integrons: Past, Present, and Future Microbiol. Mol Biol Rev. 2014;78(2):257.
  15. Partridge SR, Tsafnat G, Coiera E, Iredell JR. Gene cassettes and cassette arrays in mobile resistance integrons. FEMS Microbiol Rev. 2009;33(4):757-784.
  16. Egorova S, Kaftyreva L, Grimont PA, Weill FX. Prevalence and characterization of extended-spectrum cephalosporin-resistant nontyphoidal Salmonella isolates in adults in Saint Petersburg, Russia (2002—2005). Microb Drug Resist. 2007;13(2):102-107.
  17. Toleman MA, Vinodh H, Sekar U, Kamat V, Walsh TR. blaVIM-2-harboring integrons isolated in India, Russia, and the United States arise from an ancestral class 1 integron predating the formation of the 3’ conserved sequence. Antimicrob Agents Chemother. 2007;51(7):2636-2638.
  18. Priamchuk SD, Fursova NK, Abaev IV, Kovalev IuN, Shishkova NA, Pecherskikh EI, et al. Genetic determinants of antibacterial resistance among nosocomial Escherichia coli, Klebsiella spp., and Enterobacter spp. isolates collected in Russia within 2003—2007. [Article in Russian]. Antibiot Khimioter. 2010;55(9-10):3-10.
  19. Edelstein MV, Skleenova EN, Shevchenko OV, D’souza JW, Tapalski DV, et al. Spread of extensively resistant VIM-2-positive ST235 Pseudomonas aeruginosa in Belarus, Kazakhstan, and Russia: a longitudinal epidemiological and clinical study. Lancet Infect Dis. 2013;13(10):867-876.
  20. Solomennyi A, Goncharov A, Zueva L. Extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii belonging to the international clonal lineage I in a Russian burn intensive care unit. Int J Antimicrob Agents. 2015;45(5):525-528.
  21. Edelstein M, Pimkin M, Palagin I, Edelstein I, Stratchounski L. Prevalence and molecular epidemiology of CTX-M extended-spectrum beta-lactamase-producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Russian hospitals. Antimicrob Agents Chemother. 2003;47(12):3724-3732.
  22. Rasheed JK, Biddle JW, Anderson KF, Washer L, Chenoweth C, Perrin J, et al. Detection of the Klebsiella pneumoniae carbapenemase type 2 Carbapenem-hydrolyzing enzyme in clinical isolates of Citrobacter freundii and K. oxytoca carrying a common plasmid. J Clin Microbiol. 2008;46(6):2066-2069.
  23. Poirel L, Carbonnelle E, Bernabeu S, Gutmann L, Rotimi V, at al. Importation of OXA-48-producing Klebsiella pneumoniae from Kuwait. J Antimicrob Chemother. 2012;67(8):2051-2052.
  24. Dallenne C, Da Costa A, Decré D, Favier C, Arlet G. Development of a set of multiplex PCR assays for the detection of genes encoding important beta-lactamases in Enterobacteriaceae. J Antimicrob Chemother. 2010;65(3):490-495.
  25. Yang J, Chen Y, Jia X, Luo Y, Song Q, Zhao W, et al. Dissemination and characterization of NDM-1-producing Acinetobacter pittii in an intensive care unit in China. Clin Microbiol Infect. 2012;18(12):506-513.
  26. Machado E, Cantón R, Baquero F, Galán JC, Rollán A, et al. Integron content of extended-spectrum-beta-lactamase-producing Escherichia coli strains over 12 years in a single hospital in Madrid, Spain. Antimicrob Agents Chemother. 2005;49(5):1823-1829.
  27. Skurnik M, Hyytiäinen HJ, Happonen LJ, Kiljunen S, Datta N, et al. Characterization of the Genome, Proteome, and Structure of Yersiniophage ϕR1-37. J Virol. 2012;86(23):12625-12642.
  28. Jiang X, Ni Y, Jiang Y, Yuan F, Han L, et al. Outbreak of infection caused by Enterobacter cloacae producing the novel VEB-3 beta-lactamase in China. J Cli. Microbiol. 2005;43(2):826-831.