В судебно-медицинской практике часто приходится решать вопросы определения генетической идентичности тканей по архивному материалу гистологических лабораторий бюро СМЭ [1]. Иногда в парафиновом блоке важно определить наличие чужеродной ткани («floater»), которая случайно может быть привнесена во время хирургического иссечения образца, в процессе его вырезки, заливки в парафин, микротомии, а также при рутинном окрашивании [2] и в дальнейшем явиться причиной диагностических ошибок. Важно учитывать, что нормальная ткань одного пациента может контаминироваться злокачественной опухолью другого больного, например, при повторном использовании парафина от старых парафиновых блоков [3].
В настоящее время для решения вопроса о генетической идентичности тканей нередко используют тримерные и тетрамерные короткие тандемные повторы — STR (short tandem repeats). Это уникальные повторяющиеся единицы, состоящие из 2—6 нуклеотидных пар [4, 5]. В конце XX века альтернативой STR явились так называемые однонуклеотидные полиморфизмы (single nucleotide polymorphism — SNP) — отличия последовательности ДНК размером в один нуклеотид (A, T, G или C) [4].
При соблюдении данных условий вероятность ошибки в случаях молекулярно-генетической идентификации составляет 0,08—1,2% [6], а совпадение геномного профиля сыворотки крови двух разных лиц, не страдающих онкологическими заболеваниями, наблюдается в соотношении 1:18 000 [6, 7]. Считается, что тканевые образцы принадлежат двум разным людям, если у них не совпадает более 33% SNP (до 67% может совпадать) [8]. Некоторые исследователи [9] считают, что даже в тканях со стабильным геномом с помощью SNP нельзя судить о тождестве тканей.
C учетом имеющихся противоречий нет полной гарантии, что результаты выполненного исследования молекулярно-генетической идентификации являются точными [3, 10].
Существует также точка зрения, что использование для генетической идентификации ткани злокачественных опухолей в тестах на отцовство и при диагностике перепутанных образцов ткани, фиксированных в формалине или залитых в парафин, затруднительно и может привести к неправильной интерпретации полученных результатов, особенно если не доступны нормальные ткани [11—13].
Цель исследования — разработка судебно-медицинских критериев оценки пригодности тканей со злокачественными опухолями, залитыми в парафиновые блоки, для молекулярно-генетического исследования по поводу идентичности тканей.
1. Генетическая нестабильность опухоли
В результате опухолевой генетической нестабильности профили STR и SNP опухоли и нормальной ткани могут существенно отличаться. Это может быть причиной потенциальной ошибки при идентификации личности: вероятность ошибки от 13,8 до 98%, особенно при карциноме яичников, раке молочной железы и желудочно-кишечного тракта [11, 14—18].
Выраженность несоответствия между кариотипом опухоли и нормальных тканей особенно велика с увеличением степени злокачественности опухоли (достигает до 90,9% случаев при низкодифференцированных серозных карциномах яичников) [19]. В таких ситуациях, помимо изучения SNP-профиля, необходимы дополнительные методы исследования, а также генетическое сравнение ткани, подозрительной в отношении контаминации с другим материалом данного больного [6, 20].
Существует мнение, что тесты для решения вопроса о генетической идентичности нельзя проводить при наличии микросателлитной нестабильности (MSI, наблюдается в 6,7—34% опухолей), так как при этом может существенно измениться структура аллельных вариантов ДНК-полиморфизмов [21]. В связи с этим перед тестом на генетическую идентичность необходимо иммуногистохимическое исследование на наличие MSI в опухоли [21].
2. Контаминация опухоли стромальными клетками, несущими «нормальную» ДНК
В любом опухолевом материале есть определенная доля «нормальной» ткани, которая при отсутствии другого материала может быть использована для решения вопросов о тканевой идентичности [21]. При оценке стромально-контаминированных SNP для идентификации тканей возникают типичные ошибки [22, 23]:
— низкое содержание (менее 30%) и неодинаковые пропорции «нормальных» клеток в опухоли могут приводить к неверным результатам ДНК-типирования. Добиться одинаковой доли опухолевого и нормального компонента в смешанных образцах довольно трудно, а иногда невозможно. В таких ситуациях необходимо провести микродиссекцию опухолевой ткани, но абсолютное и полное разобщение раковых и «нормальных» клеток практически нереально [24];
— стромальные клетки также могут иметь нестабильный геном. Подобное явление доказано для «нормальных» тканей, прилежащих к злокачественным опухолям яичников и молочной железы [25, 26]. В подобных случаях необходимо использовать кровь в качестве контроля, так как в клетках крови локусы сохраняют свою гетерозиготность [26].
3. Внутриопухолевая генетическая гетерогенность
Различные ДНК-варианты могут быть в клетках опухоли одного и того же больного (например, при низкодифференцированных серозных карциномах яичников это наблюдается в более 50% случаев) [3, 23, 24, 27, 28]. Внутриопухолевая гетерогенность нередко приводит к существенным различиям между результатами генотипирования замороженных срезов и парафиновых блоков одного пациента [22].
В результате хромосомной перестройки внутри опухоли один и тот же тип геномных вариаций SNP может быть у разных людей вследствие формирования неаллельных гомологичных рекомбинаций (NAHR). Секвенаты разных людей (особенно родственников) при этом высокоидентичны по наличию одинаковых делеций, дупликаций, инверсий и транслокаций ДНК-сегментов [28].
4. Сравнение генетического профиля первичной опухоли и метастаза для идентификации образцов
Геном метастатических образований — очень динамическая структура. Установлено, что SNP-профиль метастатических клеток меняется каждый день [29]. Отмечаются несоответствие генома опухолевых клеток при первичном раке яичников и его рецидивах, отличие SNP-профиля рака молочной железы и его метастазов [30, 31].
В связи с этим сомнительно использовать вторичные и рецидивные опухолевые образования для определения идентичности тканей смешанных образцов, особенно при различных сроках возникновения рецидива.
5. Возможность использования образцов для определения тканевой идентичности после лучевой и химиотерапии
Роль влияния адъювантной или неоадъювантной терапии на хромосомную ДНК опухолевых клеток до сих пор до конца не изучена. Информация об использовании такого материала для идентификации тканей отсутствует [32]. Описан так называемый генотоксический эффект при неоадъювантной терапии [33]. Отмечается, что при назначении химиопрепаратов во многих случаях возникает градиентный феномен в виде однонаправленного изменения экспрессии ключевых генов, ответственных за развитие опухоли [33].
Данные факты могут затруднить интерпретацию результатов тканевой идентификации при идентичных SNP в различных образцах, особенно в условиях родственных связей.
6. Изменение структуры ДНК в зависимости от изготовления, длительности и условий хранения парафиновых блоков
Существует точка зрения, что ткани, фиксированные в формалине и залитые в парафин, лучше не использовать для идентификации личности вследствие высокой вероятности деградации и биохимических изменений опухолевой ДНК [3, 34—36]. Причиной этого могут быть неадекватные условия хранения парафиновых блоков. Через 3 года хранения биохимические изменения ДНК наблюдаются почти в 30% парафиновых блоков [35]. Отсутствие стандартизации свидетельствует о недопустимости сравнения материала, который вырезали в различных медицинских учреждениях и хранили в разных архивных помещениях.
Игнорирование подобных условий становится причиной многочисленных ошибок при молекулярно-генетических исследованиях [35]. В связи с этим существует установка, что парафиновые блоки при сроке хранения более 5 лет использовать для установления генетической идентичности тканей следует с очень большой осторожностью [34]. Другие авторы [37] считают, что парафиновые блоки, хранящиеся в архиве более 7 лет, нельзя применять для SNP-анализа.
7. Определение тождества тканей опухоли у больных с родственными связями, а также у больных из популяционных изолятов
У родственников, особенно при близкой степени родства, вероятность случайного совпадения аллелей очень высока [38]. В таких случаях иногда очень трудно определить, принадлежит исследуемый образец одному или нескольким людям, особенно если невозможно сравнить ДНК образца с ДНК предполагаемого родственника, неизвестен вид и степень родства [39, 40].
Нерешенной проблемой остается тканевая идентификация образцов у людей из небольшой ограниченной популяции или народности — популяционных изолятов [39]. Особенно много таких изолятов в горной местности, для которых характерны внутрипопуляционные и родственные браки. Например, среди народов Дагестана частота близкородственных браков составляет от 31,6 до 47,3% (для сравнения в Калифорнии 0,11—2,11%) [39].
На территории Российской Федерации важно учитывать следующие особенности: большое количество онкологических больных из популяционных изолятов. Люди из горных областей, где уровень медицины недостаточно высок, приезжают лечиться в крупные столичные клиники [39]; наличие в одной больнице большого количества онкологических больных с близкородственными связями, вследствие чего в гистологическом архиве могут оказаться парафиновые блоки близких родственников (мамы, бабушки, сестры). При секвенировании такого материала с учетом генетической нестабильности хромосомной ДНК опухоли может быть совпадение большого количества однонуклеотидных полиморфизмов или коротких тандемных повторов [28].
Заключение
На основе анализа данных литературы для определения генетической идентичности материала предлагаются судебно-медицинские критерии и алгоритм оценки пригодности тканей со злокачественными опухолями, залитыми в парафиновые блоки:
— для исследования не рекомендуется использовать карциномы желудочно-кишечного тракта, молочной железы, а также низкодифференцированные опухоли яичников;
— в сравниваемых образцах не должно быть рецидивных или метастатических образований;
— необходимо исключить из материала исследования ткани, которые подвергались замораживанию при срочном гистологическом исследовании;
— не исследовать парафиновые блоки со сроком хранения более 5—7 лет, а также парафиновые блоки, хранившиеся в неадекватных условиях;
— не сравнивать парафиновые блоки, изготовленные в различных лечебных учреждениях;
— исключить образцы тканей в случаях проведения лучевой терапии или химиотерапии;
— не использовать для исследования опухоли с наличием микросателлитной нестабильности;
— удалить из парафинового блока участки «нормальной» ткани, прилежащие к злокачественному образованию;
— определить перед исследованием возможность наличия родственных связей или взятие образцов от пациентов из популяционных изолятов;
— в сомнительных случаях необходимо сравнивать генотип опухоли с ДНК крови пациентов (за исключением случаев с лейкозом и лимфопролиферативными заболеваниями).
Конфликт интересов отсутствует.