Генетическое разнообразие сортов персика (Prunus persica (L.)) коллекции Никитского ботанического сада
Журнал: Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2025;43(4-2):150-156.
DOI: 10.17116/molgen202543042150
Прочитано: 666 раз
Резюме
ЦЕЛЬЮ ИССЛЕДОВАНИЯ
Была оценка генетического разнообразия сортов персика (Prunus persica (L.)) коллекции Никитского ботанического сада с использованием технологии ddRAD-seq для установления молекулярно-генетических паспортов и анализа связи генетической структуры с фенотипическими признаками.
МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
В работе использованы листья 56 сортов персика разного происхождения. ДНК выделена по методу со СТАВ-буфером, библиотеки для секвенирования приготовили с использованием рестриктаз MspI и PstI, секвенирование проводили на платформе Illumina NovaSeq6000. Обработка данных включала выравнивание на референсный геном P. persica и фильтрацию SNP при помощи программных пакетов Stacks2, bowtie2 и R. Для оценки генетических взаимосвязей использованы методы UPGMA, PCA и DAPC.
РЕЗУЛЬТАТЫ
Получено несколько тысяч SNP, позволивших выделить 14 генетических кластеров, отражающих высокое внутривидовое разнообразие коллекции. Генетическая структура частично коррелировала со сроками созревания плодов: наиболее выражено разделение ранних и позднеспелых сортов. Выделено 40 информативных SNP-маркеров, локализованных преимущественно на 1, 4 и 8 хромосомах, достаточных для идентификации всех исследованных генотипов.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
Метод ddRAD-секвенирования подтвердил эффективность для массового генотипирования сортов персика. Полученные результаты создают основу для разработки SNP-панели, пригодной для паспортизации сортов, контроля сортовой чистоты и оптимизации селекционных программ.
Ключевые слова
- Prunus persica
- генетическое разнообразие растений
- ddRAD-секвенирование
- однонуклеотидные полиморфизмы (SNP)
- популяционная структура растений
Дата поступления: 17.09.2025
Дата принятия в печать: 23.10.2025
Дата публикации: 08.12.2025
- Trifonova AA, Boris KV, Mesyats NV, Tsiupka VA, Smykov AV, Mitrofanova IV. Genetic diversity of peach cultivars from the collection of the nikita botanical garden based on SSR markers. Plants. 2021;10(12). https://doi.org/10.3390/plants10122609
- Slobodova N, Gladysheva-Azgari M, Sharko F, Petrova K, Boulygina E, Tsygankova S, et al. Genetic Diversity of the Collection of Far Eastern Actinidia spp. Revealed by RAD Sequencing Technology. Plants. 2025;14(1). https://doi.org/10.3390/plants14010007
- Slobodova N, Sharko F, Gladysheva-Azgari M, Petrova K, Tsiupka S, Tsiupka V, et al. Genetic Diversity of Common Olive (Olea europaea L.) Cultivars from Nikita Botanical Gardens Collection Revealed Using RAD-Seq Method. Genes (Basel). 2023;14(7). https://doi.org/10.3390/genes14071323
- Ksouri N, Sánchez G, Font i Forcada C, Contreras-Moreira B, Gogorcena Y. A reproducible ddRAD-seq protocol reveals novel genomic association signatures for fruit-related traits in peach. Plant Methods. 2025;21(1). https://doi.org/10.1186/s13007-025-01415-3
- Gladysheva-Azgari M, Sharko F, Slobodova N, Petrova K, Boulygina E, Tsygankova S, et al. Comparative Analysis Revealed Intrageneric and Intraspecific Genomic Variation in Chloroplast Genomes of Actinidia spp. (Actinidiaceae, Viridiplantae). Horticulturae. 2023;9(11). https://doi.org/10.3390/horticulturae9111175
- Langmead B, Salzberg SL. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat Methods. 2012;9(4):357-9. https://doi.org/10.1038/nmeth.1923
- Rochette NC, Rivera-Colón AG, Catchen JM. Stacks 2: Analytical methods for paired-end sequencing improve RADseq-based population genomics. Mol Ecol. 2019;28(21):4737-54. https://doi.org/10.1111/mec.15253
- Knaus BJ, Grünwald NJ. vcfr: a package to manipulate and visualize variant call format data in R. Mol Ecol Resour. 2017;17(1):44-53. https://doi.org/10.1111/1755-0998.12549
- Kamvar ZN, Brooks JC, Grünwald NJ. Novel R tools for analysis of genome-wide population genetic data with emphasis on clonality. Front Genet. 2015;6(JUN). https://doi.org/10.3389/fgene.2015.00208
- Mijangos JL, Gruber B, Berry O, Pacioni C, Georges A. dartR v2: An accessible genetic analysis platform for conservation, ecology and agriculture. Methods Ecol Evol. 2022;13(10):2150-8. https://doi.org/10.1111/2041-210X.13918
- Jombart T, Ahmed I. adegenet 1.3-1: New tools for the analysis of genome-wide SNP data. Bioinformatics. 2011;27(21):3070-1. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr521
- Alexander DH, Novembre J, Lange K. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals. Genome Res. 2009;19(9):1655-64. https://doi.org/10.1101/gr.094052.109
- Micheletti D, Dettori MT, Micali S, Aramini V, Pacheco I, Da Silva Linge C, et al. Whole-genome analysis of diversity and SNP-major gene association in peach germplasm. PLoS One. 2015;10(9). https://doi.org/10.1371/journal.pone.0136803
- Chen C, Okie WR. Population structure and phylogeny of some u.S. peach cultivars. J Am Soc Hortic Sci. 2022;147(1). https://doi.org/10.21273/JASHS05117-21
- Mas-Gómez J, Cantín CM, Moreno MÁ, Martínez-García PJ. Genetic Diversity and Genome-Wide Association Study of Morphological and Quality Traits in Peach Using Two Spanish Peach Germplasm Collections. Front Plant Sci. 2022;13. https://doi.org/10.3389/fpls.2022.854770
- Nguyen PL, Jung JK, Park JS, Sim SC. Low-density SNP marker sets for genetic variation analysis and variety identification in cultivated citrus. BMC Plant Biol. 2025;25(1). https://doi.org/10.1186/s12870-025-06153-1
Рекомендуем статьи по данной теме:
Профессор Виктор Николаевич Звягин. К 85-летию со дня рождения.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):67-70
Профессор Виктор Ильич Прозоровский. К 125-летию со дня рождения.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):65-66
Алевтина Михайловна Орлова. К 80-летию со дня рождения.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):63-64
Профессиональная подготовка специалистов в области судебно-химической и химико-токсикологической экспертизы: ключевые аспекты.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):56-62
К вопросу о судебно-медицинском значении трупной имбибиции вокруг подкожных вен в случаях смерти от общего переохлаждения.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):49-55
Роль магнитно-резонансной томографии в диагностике диффузного аксонального повреждения.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):42-48
Анатомические варианты, аномалии и другие неметрические характеристики скелета при судебно-медицинской экспертизе костных останков (случаи из практики).Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):38-41
Сравнительная характеристика огнестрельных повреждений, произведенных с разного расстояния самоснаряженными и фабрично изготовленными патронами 12-го калибра при выстрелах из ружья МЦ 21-12.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):32-37
Электронно-микроскопическая характеристика повреждений волос, причиненных предметами различной остроты.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):28-31
О возможности установления видовой принадлежности пятен слюны методом количественного иммуноферментного анализа.Судебно-медицинская экспертиза. 2026;69(5):24-27