В 1926 г. руководство Центрального института курортологии и физиотерапии направило в Сочи комплексную экспедицию под руководством профессора Ивана Александровича Валединского (1874—1954) для изучения действия сероводородных минеральных вод, что в последующем определило профиль курорта как бальнеоклиматический. В 1931 г. в Сочи открылась клиника им. И.В. Сталина Пятигорского бальнеологического института, которая размещалась в здании санатория № 7, построенном в 1929 г. по проекту архитектора А.В. Щусева. В 1933 г. клиника была преобразована в филиал Центрального института курортологии. Фактически с 1926 по 1934 г. на базе Старой Мацесты, а позже Новой Мацесты происходило формирование этого филиала с постоянными местными и прикомандированными из Москвы научными сотрудниками. Руководитель филиала И.А. Валединский в 1930—1940 гг. был личным врачом И.В. Сталина [1—3].

Филиал был преобразован в самостоятельный Государственный клинический научно-исследовательский институт им. И.В. Сталина на курорте Сочи—Мацеста. Основанием для его создания были постановление № 2251 Совета народных комиссаров от 7 октября 1935 г., приказы Народного комиссариата здравоохранения № 1311 от 15 декабря 1935 г. и № 147 от 10 февраля 1936 г. Институт начал свою деятельность с 25 июля 1936 г. и первоначально находился в ведении Управления научными учреждениями Народного комиссариата здравоохранения. С первых дней существования в институте начали изучать механизмы действия сероводородных вод на организм человека и разрабатывать новые, более эффективные методики лечения при различных патологиях [4, 5].

Под руководством проф. Анатолия Иннокентьевича Нестерова (1895—1979) — первого директора института, занимавшего эту должность с 1936 по 1940 г., проводились научные исследования, посвященные изучению особенностей действия сероводородных ванн на систему кровообращения. В этот период была всесторонне исследована реакция покраснения кожи, доказано безусловное лечебное свойство минеральной воды с концентрацией сероводорода 80—100 мг/л (до 1938 г. такие концентрации сероводородных вод не использовались в курортной практике). В эти годы структура института включала четыре клиники на 200 мест, лечебные и исследовательские лаборатории, экспериментально-клиническое отделение по сероводороду на Старой Мацесте. При институте был создан научно-курортный совет, члены которого выполняли научно-исследовательские работы, в частности по таким темам, как «Мацеста и кровообращение», «Курортные факторы и реактивность организма» и др. Под редакцией А.И. Нестерова вышел первый сборник научных трудов сотрудников института «Показания и методы лечения на курорте Сочи—Мацеста», изданы методические руководства о показаниях и противопоказаниях к лечению больных на данном курорте [6].

С 1940 по 1944 г. институт возглавлял проф. Владимир Иванович Сухарев (1891—1971), который сначала работал заведующим Клиникой кожных болезней, а затем научным руководителем и директором института. В годы Великой Отечественной войны он преобразовал научно-лечебную часть в Центральное консультативное бюро для госпитализации при Сочинском эвакопункте. Война внесла изменения в работу Института, его коллектив стал заниматься проблемами организации сочинской госпитальной базы, подготовки медицинских кадров для госпиталей, в которых проходили лечение раненые. Только в 1941 г. сотрудники института — доценты А.П. Евстропов и К.А. Гордон обучили на курсах по малой хирургии более 400 врачей. В том же году курсы по переливанию крови окончили 50 врачей, хирургическую подготовку прошли 300 медицинских сестер. Большое внимание стали уделять военно-полевой хирургии, терапии боевых травматических повреждений. В это время на базе института дислоцировался госпиталь № 4773 на 200 коек. В 1942 г., когда бои велись в непосредственной близости от Сочи, институт был эвакуирован в Байрам-Али, где его сотрудники проводили исследования по бальнеологическим факторам этого курорта. Перелом в ходе войны позволил институту вернуться из эвакуации в ноябре 1943 г. [7, 8].

В 1944 г. В.И. Сухарев был отозван в Центральный институт, на посту директора его сменил проф. Василий Корнилович Модестов (1895—1969), который занимал эту должность до 1957 г. С 1944 г. после возвращения из эвакуации основными направлениями изысканий ученых института являлись исследование влияния сероводородных вод на течение различных видов ран, травматических остеомиелитов, посттравматических радикулитов, невритов, плекситов и других заболеваний, а также изучение воздействия курортных факторов на процесс реабилитации раненых. Сотрудники института оказывали большую консультационную помощь по вопросам лечения больных и раненых, уточнения диагноза в эвакуационных госпиталях, санаториях для инвалидов войны и других лечебных учреждениях [8, 9].

В связи с увеличением коечной емкости курорта возникла необходимость в расширении его гидроминеральной базы. Однако для этого требовалось пополнение запасов сероводородной минеральной воды курорта. Большой интерес представляло получение теплой (горячей) сероводородной воды. В 1949 г. по инициативе к.г.-м.н. Василия Михайловича Куканова был разработан проект глубокой разведки на Мацесте, предусматривавший бурение 4 разведочных скважин глубиной по 2000 м. В основу этого проекта было положено предположение автора о перспективности глубоких недр Старой и Новой Мацесты для получения термальных высококонцентрированных сероводородных вод. В результате глубокой разведки на Мацесте и Хосте было установлено, что в толще трещиноватых и закарстованных известняков мела и верхней коры юры имеются огромные ресурсы самоизливающихся термальных вод типа «Мацеста» с содержанием сероводорода до 450 мг/л [10].

После окончания войны институт вновь приступил к исследованиям по лечению различных заболеваний курортными факторами Сочи. Важную роль он играл в обучении врачей курорта новым методам лечения, различным курортным специальностям, руководил всей научной медицинской деятельностью в Сочи. Только в 1946 г. были проведены 7 заседаний научного совета института и 34 научные конференции. В 1947 г. научные кадры института состояли из 55 сотрудников, в том числе: докторов наук и профессоров — 3, кандидатов наук — 13, младших научных сотрудников — 28, аспирантов — 2. В том же году ученые института в общей сложности выступили на различных конференциях со 179 докладами [4, 5].

На основании приказа министра здравоохранения СССР № 2871-л от 25 ноября 1955 г. Государственный клинический научно-исследовательский институт им. И.В. Сталина на курорте Сочи—Мацеста был реорганизован в Сочинский институт ревматизма Министерства здравоохранения СССР, а с 1957 по 1962 г. директором его был проф. Михаил Михайлович Шихов (1897—1980), работавший ранее заместителем директора по науке. В связи с переименованием усилия научных сотрудников были направлены на изучение отдельных клинических форм, методов лечения и профилактики ревматизма и ревматоидных артритов. В этот период научные работы публиковались в периодической печати и в виде отдельных сборников трудов института. В 1957 г. в институте работали уже 232 человека, за год в его клиниках были пролечены более 1500 человек, проведено 18 научно-практических конференций [6].

Во исполнение распоряжения Совета министров РСФСР № 4550 от 31 июля 1959 г. и приказа министра здравоохранения РСФСР № 413 от 12 августа 1959 г. Сочинский институт ревматизма был перепрофилирован в Сочинский научно-исследовательский институт курортологии Министерства здравоохранения РСФСР, а с 13 февраля 1962 г. он стал называться Сочинским научно-исследовательским институтом курортологии и физиотерапии Министерства здравоохранения РСФСР. С 1962 по 1983 г. институт возглавлял профессор Николай Егорович Романов (1915—1998) [11].

В этот период разрабатывались вопросы организации санаторно-курортного обслуживания больных, медицинские и экономические аспекты повышения эффективности лечения и отдыха. Основными задачами научной деятельности института являлись: изучение физико-химических свойств курортных факторов, разработка методик лечения с их помощью различных заболеваний, адаптация к условиям влажных субтропиков. Институт играл главную роль в повышении квалификации кадров курорта Сочи: научные сотрудники не только занимались изысканиями новых способов лечения различных болезней, но и вели большую педагогическую работу среди медицинского персонала курорта [6].

В 1964 г. было принято решение о срочной реконструкции лечебной базы курорта Сочи. Следовало расширить гидроминеральную базу Мацесты, разработать и внедрить в практику наиболее рациональный метод эксплуатации месторождения минеральных вод, выяснить условия их формирования, определить запасы лечебных сероводородных вод Мацесты и Хосты. В это время были обнаружены высококонцентрированные термальные сероводородные воды в Кудепсте (конец 1960-х годов) и Мамайке (начало 1970-х годов). Эти источники имели хороший дебит и могли быть базой для лечения больных Адлерского курортного городка, района Дагомыса и Мамайки [10, 11].

В 1960-е годы вокруг проф. Н.Е. Романова объединились ведущие курортологи и молодые ученые курортов Черноморского побережья Краснодарского края. В оздоровлении отдыхающих и медицинской реабилитации больных на курортах с успехом использовались методические и лечебно-профилактические рекомендации, разработанные в институте. Большой вклад в изучение механизма действия сероводородных ванн на организм человека внесли фундаментальные исследования профессоров С.Я. Каплуна, Е.Г. Коптевой, В.П. Лаврова. Ими были изучены фармакодинамика сероводорода, компенсаторно-приспособительные, иммунологические и метаболические механизмы, реакции сердечно-сосудистой, нервной и других систем. Это подтверждалось клиническими исследованиями М.М. Шихова, Н.М. Шиховой, К.Ф. Никитина, Н.М. Гаврикова, А.А. Буюкляна, Е.В. Утехина, Н.А. Ульяновой, С.С. Довжанского, В.В. Оржешковского и др. [4, 5].

Впервые проф. Е.В. Утехиным с помощью радиоактивных изотопов на курорте была изучена проницаемость кожных покровов для сероводорода, йода, брома, а также ее изменения под влиянием гелио- и талассотерапии. Под руководством профессоров Н.Е. Романова и Н.А. Гаврикова впервые на курорте были систематизированы и научно обоснованы методы применения талассотерапии, климатотерапии и метеопрофилактики у больных и здоровых лиц, в также организации круглогодичного отдыха на курорте. В этот период получила дальнейшее развитие гидрохимическая база курорта Сочи. Сотрудниками физико-химической лаборатории к.х.н. Е.В. Иосифовой и Ф.И. Головиным при активной поддержке проф. Н.Е. Романова была изучена и дана гидрохимическая характеристика питьевых минеральных вод «Чвижепсе», «Пластунская», «Сочинская», «Лазаревская». Кроме того, проводились работы по определению запасов адлерских илов, их обогащения высококонцентрированной сероводородной водой, что позволило использовать грязи круглогодично при лечении хронических заболеваний [4, 5].

С 1984 по 1990 г. институт возглавлял проф. Таймураз Владимирович Хутиев, который способствовал расширению тематики научных исследований в области многофакторной профилактики ишемической болезни сердца, лечебной физической культуры.

В 1990—1997 гг. институт под руководством д.м.н. Александра Ишхановича Джагиняна, помимо основных направлений в курортологии приступил к разработке научной темы по созданию различных методов санаторно-курортного лечения лиц, пострадавших от аварии на Чернобыльской атомной электростанции [6]. С 1978 по 1990 г. в институте работал диссертационный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени кандидата медицинских наук по специальности «Курортология и физиотерапия». Десятки ученых курорта за эти годы защитили в институте кандидатские диссертации. Вместе с тем с началом перестройки резко уменьшилось федеральное финансирование проведения научно-исследовательских работ. В 1990 г. общее число научных сотрудников в институте сократилось до 23 человек, из них только 3 имели ученую степень доктора и 6 — кандидата наук [12].

В конце 1990-х годов после очередной реорганизации институт возродился, изменил направление работы, статус и структуру. В 1997 г. на основании приказа Министерства здравоохранения Российской Федерации № 131 от 26 июня 1997 г. Сочинский научно-исследовательский институт курортологии и физиотерапии был реорганизован в Научно-исследовательский центр курортологии и реабилитации и включен в состав Черноморского зонального управления специализированных санаториев Министерства здравоохранения Российской Федерации, возглавляемого проф. Сальбием Нурбиевичем Мамишевым (1939—2007). В научно-исследовательской деятельности центра сохранялись три основных направления — клиническое, научно-организованное и изучения курортных ресурсов. Возглавил центр д.м.н. Онисе Шалвович Куртаев, который занимал эту должность с 1997 по 2004 г. Особенно большое значение в эти годы учеными центра уделялось исследованию динамики химического состава минеральных вод и лечебных грязей курортов Черноморского побережья Кавказа, Краснодарского края и Ростовской области, что активизировало применение природных минеральных вод для лечения и профилактики различных заболеваний на курортах [6].

С 2002 по 2014 г. в Научно-исследовательский центр курортологии и реабилитации работал диссертационный совет по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата медицинских наук по специальности «Восстановительная медицина, спортивная медицина, лечебная физкультура, курортология и физиотерапия». Сотрудники центра занимались разработкой комплексных программ медицинской реабилитации на бальнеоклиматическом курорте по 5 основным клиническим направлениям: кардиология, ревматология, гинекология, неврология и педиатрия. Сотрудники отдела оценки экологического состояния гидроминеральных ресурсов курортов и технологий их использования принимали участие в разработке нормативов и правил стандартизации оценки качества минеральных вод при их применении в лечебных целях. С 2004 по 2007 г. центр возглавлял проф. Константин Александрович Георгиади-Авдиенко. Распоряжением Правительства Российской Федерации № 32-р от 17 января 2005 г. центр был переведен в ведение Росздрава и переименован в ФГУ «Научно-исследовательский центр курортологии и реабилитации Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию». Приказом Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию при нем была создана комиссия по аттестации врачебного и среднего медицинского персонала [4, 5].

С 2007 по 2013 г. центром руководил проф. Владимир Данилович Остапишин. Распоряжением Правительства Российской Федерации № 1300-р от 10 сентября 2008 г. центр был переведен в ведение Федерального медико-биологического агентства и переименован в ФГУ «Научно-исследовательский центр курортологии и реабилитации Федерального медико-биологического агентства». С 2013 по 2014 г. его директором был Илларион Ингвонович Лим, а с 2014 г. по настоящее время эту должность занимает Арам Фрунзеевич Хечумян.

До 2012 г. центр имел собственную клиническую базу, расположенную в экологически чистой зоне со своим микроклиматом — на склоне горы Малый Ахун в лесном массиве, богатом субтропической растительностью. В настоящее время он расположен на территории медицинского центра ЗАО «Спортивно-оздоровительный комплекс «Спутник», где размещены научно-клинические подразделения, клинико-диагностическая лаборатория и лаборатория функциональной диагностики. С 2009 г. по заданию Федерального медико-биологического агентства в научной тематике центра, кроме традиционных исследований по комплексному использованию природных и преформированных физических факторов для медицинской реабилитации больных с различными социально значимыми заболеваниями, появились работы по восстановительному лечению профессионально обусловленных заболеваний, повышению спортивной работоспособности с использованием биологически активных веществ растений Черноморского побережья.

В январе 2012 г. на территории, расположенной в средней части юго-западного склона горы Малый Ахун, началось строительство центра спортивной медицины Федерального медико-биологического агентства, которое в 2014 г. было заморожено. Приказом Министерства здравоохранения Российской Федерации № 647 от 18 сентября 2015 г. Центр был реорганизован в форме присоединения к ФГБУЗ «Медицинский центр «Юность» Федерального медико-биологического агентства» и переименован в Научно-исследовательский центр курортологии и реабилитации — филиал Федерального государственного бюджетного учреждения «Северо-Кавказский федеральный научно-клинической центр Федерального медико-биологического агентства» в Сочи. Таким образом, к своему 80-летию Научно-исследовательский центр курортологии и реабилитации вновь стал филиалом.